Ich benutze seit Jahren borgbackup, nachdem ich zuerst mit rsync und dann rsnapshot angefangen hatte. Automatisches Backup erfolgt denke ich entweder über udev-Regeln (Backup beim Anschließen), oder in regelmäßigen Intervallen (benutze ich nicht) wie z.B. hier beschrieben.
Borg hat im Gegensatz zu ~~rsync~~ rsnapshot den Vorteil, dass auf der Sub-File-Ebene dedupliziert wird, d.h. nur weil eine Datei sich an einer Stelle geändert hat, wird der Rest der Datei nicht nocheinmal kopiert. Das einzige was ich zusätzlich empfehlen würde, wäre von vornherein mit compression --zstd,9
oder so zu arbeiten.